Fodep operará a través de instituciones intermediarias, sean estas de carácter no gubernamental, social, gremial, eclesial o similares, las que deberán presentar proyectos con un detalle de los objetivos a alcanzar, las actividades a realizar, los resultados esperados, los costos (recursos humanos, materiales e infraestructura) de la iniciativa, el plazo de desarrollo del proyecto y el monto solicitado al Fodep.
La duración de los proyectos tendrá un máximo de un año; sin embargo, las instituciones podrán solicitar nuevos proyectos o extender el apoyo previa evaluación de lo logrado con el apoyo del Fodep.
Fodep apoyará financieramente con una contribución que no podrá exceder el 50% del costo total del proyecto; por lo tanto, deberá existir cofinanciamiento, aun cuando sea éste la valorización de los aportes de los gestores.
Fodep suscribirá con cada institución un convenio de apoyo donde se especifiquen los objetivos del programa, el monto, el plazo, los resultados a obtener y los criterios de evaluación de este.